Одделениет за мониторинг на квалитет на води е надлежно за извршување на следните работни задачи
- Организирање и раководење
- Реализација на активноститеод годишната Програма за мониторингна квалитетот на водите во Република Македонија, примена на прописите од областа на квалитетот на водите
- Одредување на еколошка состојба, потенцијал на водните тела според одредените биолошки статус, и хемиски статус на водните тела
- Одредување и проценка на хемискиот статус на водните тела
- Одредување и проценка на биолошки стетус на површинските води
- Обработка на податоци од квалитетот на водите
- Изработка на проекти за мрежа на станици за контрола и следење на квалитетот на површинските, подземните и отпадните води
- Воспоставување информациони системи за прибирање на податоци за состојбата и прогнозираните тенденци на загаденоста на водите, обезбедување на база и банка на податоци
- Изработка на студии, елаборати, извештаи, информацииза состојбата со загаденоста на водите, како и примена на модели за прогноза на нивото на загаденоста и методи за прогнозирање на загаденоста
- Следење научни достигнувања од областа на квалитетот на водите, и учествува на едукативно – научните семинари и курсеви што ги организира ЕУ и други интернационални организаци
- Вршење обука и стручно оспособување