Хидрологијата на територијата од денешна Република Македонија е присутна уште од 1924 година. Со основање на Управата за хидрометероолошки работи во 1947 година, Секторот за хидрологија е нејзин основен дел. Основната дејност на Секторот за хидрологија е да врши хидрометриски мерења и набљудувања на површинските и подземните води на територијата на Република Македонија, а со цел обезбедување на хидролошки податоци за површинските и подземните води. Врз основа на овие податоци се утврдува режимот и билансот на водата, се изработуваат хидролошки информации и хидролошки прогнози и предупредувања, се изработуваат елаборати и студии за потребите на управувањето со водите, се дефинираат водните количини потребни за дефинирање на статусот на водните ресурси во Република Македонија, со главна цел заштита на водите и слично.
Секторот за хидрологија активно учествува во размената на хидролошки податоци и информации на национално и меѓународно ниво, и е дел од многу државни и меќународни проекти на тема хидрологија и води. УХМР и Секторот за хидрологија функционираат со помош на законот за хидрометеоролошка дејност на Република Македонија и во согласност со препораките на Светската Метеоролошка Организација (WMO).
Секторот за хидрологија го организира мониторингот на површинските и подземните води со помош на хидролошка мрежа на станици и тоа за површински и подземни води. Регистрираниот број на станици за површински води изнесува 110 станици, а за подземни води изнесува 115 станици.
За извршување на овие активности во Секторот за хидрологија се формирани три одделенија:
• Одделение за хидрологија на површински води;
• Одделение за хидрологија на подземни води;
• Одделение за хидролошки прогнози, база на податоци, студии и информации.