Секторот за квалитет на води е надлежен за извршување на следните работни задачи:
1. Организирање и раководење
2. Следење на квалитативните карактеристики на површинските води, подземните води, езерата, акумулациите, водите кои се користат во системите за наводнување
4. Прогноза на тенденциите на загадувачките материи во водите
5. Ажурирање на база и банка на податоци
ул. Скупи бр. 28, 1000 Скопје, Република С. Македонија